开铁之战战败后，万历皇帝任命熊廷弼为兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。熊廷弼文武双全，能在骑马时拈弓搭箭左右开弓，他来到辽阳后，辽阳已半是空城，一些官绅都已离去，道员和将领也备下快马欲逃，人心惶惶。熊廷弼果断地采取了一系列措施：
    一，以将自己家眷送走、动摇人心的罪名，逮捕了知州李尚皓。
    二，斩逃将刘遇节、王捷、王文鼎，震慑欲逃者。
    三，公开祭奠开原、铁岭战斗中的殉难者，激励士气，从而初步安定了民心，稳定了军队。
    但辽东形势并不令人乐观，熊廷弼在给万历的奏折中说：现在辽东有四种兵，一种是残兵，身无片甲，手无寸械，在部队里空耗饷银，装死扮活，就是不肯出战。第二种叫额兵，开原这一道兵全额已经亡了。第三种叫募兵，都是临时招募的无赖之徒，这帮人打仗还能靠得住？刚听到警报就能跑一半。第四种叫援兵，也就是别的地方来援助的，谁肯把好的兵来援助，因此来的都是次品。现在的一万多匹马，大多是瘦弱的马匹，这是因为许多士兵故意少给马草料，设法把马弄死，这样他们就可以当步兵了，以免出战。现在士兵所拿的弓都是断了弦的，箭镞嘛，更应该叫箭，因为已经没有镞了，刀都缺一块或很钝，枪的枪头都秃了各部队闻风而逃，望阵而逃，惧战而逃，各营逃跑的每天都有上百人。（《熊襄愍公集》）
    更可怕的是，由于长期欠饷，许多士兵居然靠卖弹药库里的火药来谋生，自辽阳至镇江，其间许多镇堡，官上火药暗里偷出，或五六百斤或千余斤数年以来，辽阳一带火药，尽皆见失。镇堡之官，亦不时点检，徒闭虚库。
    此时真可谓形势危急，困难重重。
    面对这种形势，熊廷弼认为，从当前形势出发，漫谈收复失地、剿灭后金显然过于草率，不如以固守为稳着，挡住后金的进攻势头，步步为营，渐进渐逼，以守为攻。万历皇帝批复熊廷弼说：卿审度贼势，分布战守方略，颇合机宜。防守既固，徐图恢复进剿，尤是万全之策。
    熊廷弼适当收缩兵力，并守沈阳的绝大部兵力于辽阳，犒劳军士，准备干粮、行具，佯示进兵。努尔哈赤果然疑虑，没有立即进攻辽阳。熊廷弼抓紧时间，加强辽阳城防。在城外掘壕三道，每道阔三丈，深二丈，中灌河水，阻敌前进。在此基础之上，熊廷弼进一步采取措施。他与总兵贺世贤率精兵一千，踏着冰雪，突然出现在已被努尔哈赤占领了的抚顺关，大张旗鼓，坐在马上，挥舞着马鞭指点地形，他说：这可以扎营，那可以设伏，那可以打仗。故意让后金间谍知道，然后取道而回。努尔哈赤以为熊廷弼要袭击他，随后砍树堵山口，运石整修关隘、山城。熊廷弼趁着努尔哈赤瞎忙活的时候，大修辽阳城，辽阳防卫空前加强。随后，熊廷弼进一步加大防御纵深。
    熊廷弼提出了对努尔哈赤实行坐困转蹙的战略设想。即把自己的军队分成四路，分别置于叆阳、清河、抚顺、柴河，每路三万人，各路相互策应，敌人小股来犯，就自己解决，大军压境，就互相支持。各路组织机动部队，消灭零星扰边小分队。在农忙季节，各路实行迭进互扰的战法，使后金不得耕种，陷入困境，然后相机或四路同时，或三路牵制一路主攻。到泰昌元年（1620年）九月，熊廷弼已集结兵力十三万，重二百斤以上的大炮数百门，七八十斤的三千余门，百子炮以千计，战车四千二百余辆，铁箭、火箭四十二万余支，准备于冬季率军去抚顺关显示威力，第二年春天，熊廷弼自率大军驻抚顺，逐渐进逼。
    熊廷弼的守辽部署是非常正确的，而英明的万历皇帝更是对熊廷弼坚决支持，熊廷弼此人性情刚直，看见不好的官员就喜欢骂街，因此在朝廷的文官中人缘相当不好，言官们几乎把他当成眼中钉、肉中刺，攻击诋毁诽谤从来就没有停止过，几次逼熊廷弼辞职。万历则毫不犹豫地支持熊廷弼，不理那些罪恶的家伙，他说：辽事败坏，皆地方官玩曷所致，熊廷弼一意振刷，恢复封疆，朕深切依赖。今夷情甚急，岂经略释肩之时，自弃前功！着益殚忠任事，与诸臣协心共济，毋为人言所阻。专制社会帝王很少能说对自己的大臣深切依赖的，但万历就能说对熊廷弼深切依赖，一方面可见万历皇帝对熊廷弼的信任，另一方面，也可见万历是个真性情的皇帝。此时万历与熊廷弼的关系，已经不只是君臣关系，而是有一定朋友关系了。
    第五章　万历，内心孤独的皇帝
    时间很快就到了万历四十八年（1620年），万历病重，临终前，他依然对熊廷弼分外关注，别的奏疏可以不看，唯独熊廷弼的奏疏非看不可，而且无一不批答。
    然而遗憾的是，就在辽东局势被熊廷弼搞得眼看就要扭转，就要让后金混不下去了的时候，万历皇帝在1620年去世了。
    对于万历皇帝，传统说法都说他二十年不上朝，酒色财气，样样俱全，明之亡，非亡于崇祯之失德，实亡于万历之怠政。
    而事实上，正是万历皇帝凭明朝一国之力打赢了抗倭援朝战争，在中国历史上，能够打败日本的最高统帅只有唐高宗、万历皇帝和蒋介石，唐高宗是在663年派兵东征百济时，日本派海军援助百济，两军于白江口（朝鲜西南锦江口）遭遇，唐朝海军烧毁日本四百艘战舰，大获全胜，而这其实只是一场遭遇战。